Отдел книгохранилища является самостоятельным составным подразделением Государственной библиотеки. Отдел организует и проводит работу по обеспечению надлежащего хранения фондов библиотеки, гарантируя сохранность и нормальное физическое состояние изданий, хранящихся в фондах. Он также быстро и в полном объеме удовлетворяет запросы читателей и подписчиков. Отдел располагается на трех этажах библиотеки. Все этажи соединены между собой вертикальными книжными и пассажирскими лифтами. В помещениях библиотеки созданы все условия для сохранения качества изданий, поддерживается температурно-влажностный и освещенный режимы . Основной фонд насчитывает около 5 миллионов 300 тысяч изданий. В 1895 году, когда была основана библиотека, в фонде насчитывалось 3000 изданий. Отдел книгохранилища функционирует с 1940 года, когда он был выделен в самостоятельный отдел. Сегодня главный фонд библиотеки — разнообразная по видам и составу коллекция изданий. Помимо основного фонда в неё входят также специализированные фонды:
• Фонд региональных и местных изданий;
• Фонд печатных изданий;
• Фонд текущих публикаций;
• Фонд рефератов;
• Фонд изданий на языках стран СНГ.
Сотрудники отдела размещают в электронном каталоге библиографическую информацию об изданиях, находящихся в главном фонде. Ежегодно из главного фонда читателям выдается около 750 тыс. изданий. Библиотечный фонд является основным источником удовлетворения информационных потребностей всего общества и отдельных его членов.
